para realizar una copia de seguridad con php es muy facil pues tenemos 2 opciones para realizarlo
las cuales son utilizar el mysqldump o por medio de la funcion load data infile
a continuacion se detalla la forma como se deberia escribir el codigo para que estas funcionen perfectamente.

ejemplo 1 – MysqlDump

<?php
$backupFile = $base_de_datos . date("Y-m-d-H-i-s")  . '.gz';
$command = "mysqldump --opt -h $host -u $usuario -p $password $base_de_datos | gzip > $backupFile";
system($command);
?>

Ejemplo 2 – Load Data Inifile

<?php
$tableName  = 'mypet';
$backupFile = 'mypet.sql';
$query      = "LOAD DATA INFILE 'backupFile' INTO TABLE $tableName";
$result = mysql_query($query);
?>

espero que este codigo les sirva de mucho